Význam antibiotík nikto nespochybňuje, ale oplatí sa zamyslieť nad tým, prečo a ako často po nich siahame. Neoprávnené užívanie antibiotík má totiž negatívny dopad na náš organizmus. Vedie k rapídnemu poklesu črevných zdraviu prospešných baktérií, ktorých nedostatok môže spôsobiť viaceré choroby.
Je neodškriepiteľným faktom, že vďaka objaveniu sa antibiotík sa ľudstvo mohlo rozlúčiť s mnohými predtým smrteľnými chorobami. Azda odtiaľto pochádza mylná predstava, že ich užívaním sa zbavíme akejkoľvek nákazlivej choroby. Účelovo aplikované antibiotiká sú schopné zničiť baktérie, a obmedzovať ich schopnosť rozmnožovania, ale brať ich pri vírusovom, alebo hubovom ochorení je celkom zbytočné, alebo vyslovene škodlivé. V priebehu dlhého užívania antibiotík sa väčšina baktérií stane adaptabilnými, a tak vznikne nový typ baktérií, silnejší a rezistentný voči antibiotikám.
Jedným negatívnym následkom užívania antibiotík je, že vo veľkej miere poškodzujú črevnú flóru a zabíjajú užitočné baktérie, ktoré žijú v čreve. Zníženie počtu užitočných baktérií v čreve pôsobí negatívne na imunitný systém, objavia sa zažívacie problémy, kŕčovité bolesti brucha, nutkanie na vracanie, hnačka a rôzne ochorenia tráviaceho systému. Často dochádza k premnoženiu Candidy, ktorá prináša so sebou aj hubové ochorenia plné nepríjemných symptómov. Niektoré antibiotiká spôsobujú vyrážky, svrbenie, precitlivelosť na svetlo, alergické reakcie. Výsledkom ich užívania je nechutenstvo, vypadávanie vlasov, a podľa amerických výskumníkov môžeme kvôli ich užívaniu rátať aj s tučnením. Kvôli stupňujúcej sa rezistencii bakteriálnych kmeňov sa dnešné antibiotiká pripravujú zo stále silnejších účinných látok. Prvé antibiotiká objavil Alexander Fleming vo svojom napoly náhodnom pokuse. Náhodou mu splesnivela kultivácia na miske. Látka zvaná penicilin (pleseň) ničí veľa choroboplodných zárodkov bakteriálnych ochorení, ale pritom neruší činnosť bielych krviniek a preto sú na človeka a na zviera neškodné. Dnes sa už mnoho kmeňov baktérií stalo odolnými na penicilín, a imunita človeka vďaka negatívnemu vplyvu znečisteného životného prostredia a v dôsledku stresu stále viac oslabuje. Tieto dva činitele určujú, že človek je stále náchylnejší k chorobám, choroboplodným zárodkom, a na vedľajšie účinky reaguje stále horšie.
Po užívaní antibiotík je potrebné teda rozhodne napraviť poškodenú črevnú flóru, a postupne nahrádzať priaznivé probiotické baktérie.